理事会办公室（营商环境建设处）：负责文电、会议、信息、机要、保密、档案、政务公开等工作；负责人大代表建议、政协委员提案的办理工作；负责系统营商环境建设、法制建设工作；负责系统防灾减灾以及安全生产工作。

经济发展处：负责系统综合改革和经济发展规划；负责对系统化肥、农药等重要农业生产资料的经营、储备进行组织、协调和管理；指导系统农资流通、再生资源网络体系建设；组织指导系统新农村现代流通服务网络工程（新网工程）专项资金申报工作；行使市食品安全委员会成员单位职责；配合相关部门做好系统内京沈合作工作。

合作指导处：负责拟订全市供销社基层组织建设规划并组织实施，负责全市农民经纪人队伍建设工作。指导系统基层社建设、农民专业合作社、新型农业社会化服务体系、城乡社区服务中心建设等工作，负责系统科技推广、定点帮扶等工作。组织实施农产品生产基地、农业标准化建设工作，组织实施系统全程农业社会化服务，参与指导系统内企业开展农村土地流转、土地托管等工作。牵头负责上级供销合作社年度综合业绩考核工作。

农产品现代流通处：参与拟订全市农产品现代流通体系发展规划并组织实施；负责拟订全市供销社电子商务发展规划并组织实施；组织指导系统大型农产品批发市场、现代物流中心、农产品供给基地、冷链设施和生鲜超市、深加工及仓储设施等农产品市场网络建设；参与公益性农产品批发市场和产地集配中心建设；负责推进系统合资合作、开放办社。

信息化规划发展处（合作金融处）：负责拟订系统信息化建设发展规划和合作金融发展规划并组织实施；负责机关信息化建设、行业信息及网络管理等工作；落实电子商务网上交易规范，负责数字供销、系统信息化建设项目管理工作；负责发展涉农普惠金融服务，组织指导系统农业融资担保、融资租赁、农业互助合作保险等工作；负责设立和运营系统改革发展基金。

社有资产运营管理处：负责社有资产管理委员会日常工作;行使社有企业出资人职责,负责社有资产监督、运营管理工作;负责社有企业绩效考核。

财务处：指导系统财务会计工作，负责系统会计报表、会计监督、财务分析、会计队伍建设工作；负责机关财务管理,编制执行机关财政经费预算和决算。

社有企业服务处：负责系统社有企业历史遗留问题的指导和协调处理工作；统筹推进社有企业改革过渡期管理；负责信访工作。

组织人事处：负责机构编制、人事管理、教育培训和离退休干部等工作;负责工资管理和社会保障工作;负责政府绩效考核工作。

监事会办公室（内部审计处）：负责社有企业内部审计监管工作；负责监事会的日常工作；负责指导区、县（市）供销合作社监事会工作。

党群工作处：负责机关和基层党组织建设、党风廉政建设、宣传思想文化建设、统战等党务工作；负责纪检、监察工作；负责工会、共青团、妇联工作。